DNA亲子鉴定的科学根据为孟德尔遗传规律。现代生物遗传学的两个基本定律——分离定律和自由组合定律，我们统称之为孟德尔遗传规律。即子女的基因型一半来自母亲，另一半来自父亲。
鉴定亲子关系目前用得最多的是DNA分型鉴定。该DNA检测技术专业称为STR分型检测。选择作为检测的基因座位点即DNA片段是具有多样性和特异性。且足以区分个体。该技术的非父排除率是大于0.9999的。从概率上估计全世界人群中几乎不可能找到具有同样表型组合的另一个人（同卵多胞胎除外）。人的血液、毛发、唾液、口腔细胞等都可以用于用亲子鉴定，十分方便。一个人有23对（46条）染色体，同一对染色体同一位置上的一对基因称为等位基因，一般一个来自父亲，一个来自母亲。如果检测到某个DNA位点的等位基因，一个与母亲相同，另一个就应与父亲相同，否则就存在疑问了。
DNA亲子鉴定是一件很严肃的事情，遵循相关的国家技术标准。其鉴定过程主要是经过以下步骤：
1. 从样本里提取DNA
2. PCR扩增，即DNA目的片段的复制放大
3. 上机检测 (电泳分离不同长度的目标片段)
4. 数据分析整理
5. 如果数据分析匹配，则计算PI值或LR值
6. 计算出的值如果满足标准要求，则可出具相应的鉴定意见书。
7. 如果第6步中计算出的值不满足标准要求，则需加做基因座。重新计算PI值。一般出现加做基因座的比例非常的少。
8. 若第4步的数据分析不匹配，则更换鉴定人员，重复上述步骤。
9. 若结果仍然不匹配，则根据此结果出具相应的排除的鉴定意见书。